۱ـ اداره و نظارت بر حسن اجرای کلیه امور پژوهشی و فناوری، کتابخانه‌ها و بانکهای اطلاعاتی موسسه، مطابق با مصوبات، مقررات و آئین‌نامه‌های مربوطه؛

 ۲ـ برنامه‌ریزی و سیاستگذاری به منظور ارتقاء و افزایش سطح همکاریهای علمی و بین‌المللی؛

۳ـ اولویت بخشی به نوآوری در حوزه نظری و پژوهشهای کاربردی و موردنیاز کشور؛

۴ـ توسـعه، تقویت و هدایـت طرحهای پژوهـشی مصوب با اولویت پژوهشهای کاربردی هدفمند و مبتنی بر سند چشم‌انداز برنامه‌های توسعه کشور و نـقشه جامع علمی کشور؛

۵ ـ کنترل و نظارت بر فرآیندهای پژوهشی موسسه بر اساس تقویم تعیین شده در طرحنامه پروژه‌های مصوب پژوهشی و تحقیقاتی؛

۶ ـ مطالعات لازم در زمینه ارزشیابی فعالیت‌های پژوهشی و ارزیابی عملکرد پژوهشی سالانه موسسه جهت ارائه به رئیس موسسه؛

۷ـ ایجاد ارتباط لازم با مؤسسات داخلی و خارجی به منظور همکاری در امور پژوهشی و مبادله خدمات علمی؛

 ۸ ـ همکاری در ارائه خدمات علمی، فرهنگی و اجتماعی و برگزاری سمینارها و کنفرانس‌های علمی و اجرای کلیه امور قراردادهای تحقیقاتی و خدماتی بین موسسه و سایر مؤسسات؛

۹ـ همکاری در اجرای دوره‌های کوتاه مدت پژوهشی برای مؤسسات غیردانشگاهی؛

۱۰ـ برنامه‌ریزی جهت استفاده اعضای هیأت علمی از فرصت‌های مطالعاتی داخل و خارج از کشور (اعم از مراکز علمی پژوهشی حوزوی و دانشگاهی) برابر ضوابط مصوب؛

۱۱ـ تهیه برنامه پژوهشی موسسه و ارائه اهداف و تعیین اولویت‌های پژوهشی در قالب برنامه‌های میان مدت و بلند مدت و حمایت از تشکیل مراکز رشد، کارآفرینی و پارکهای علم و فناوری، برای طرح در شورای تخصصی پژوهشی موسسه؛

 ۱۲ـ بررسی و ارزیابی فعالیت‌های موسسه در چارچوب برنامه‌های رشد و توسعه کشور بر اساس اهداف سند چشم‌انداز و برنامه‌های توسعه‌ای کشور و نقشه جامع علمی کشور در بخش آموزش عالی برای طرح در هیأت رئیسه؛

 ۱۳ـ شناسایی و تعریف موضوعات و برنامه‌های علمی ـ پژوهشی مشترک و برنامه‌ریزی جهت تامین امـکانات و تخصیص اعتبار لازم جهت تعامل علمی ـ پژوهشی حوزه و دانشگاه و ایجاد زمینه مناسب جهت نیل به علم دینی و علوم انسانی مناسب با حوزه تخصصی موسسه